Pierwsza wzmianka o miejscowości pochodzi z roku 1288, kiedy to Sołtys Henryk z Podolínca założył Nižné a Vyšné Ružbachy. W roku 1549 rozpoczął się Złoty wiek dla miejscowości Rużbachy, gdy król Polski, Kazimierz, mianował hrabiego Sebastiana Lubomirskiego dziedzicznym burmistrzem zastawionych miast. To spowodowało ożywienie budownictwa, jak również życia społecznego. W roku 1595 powstał budynek uzdrowiska z basenem, kuchnią, jadalnią i salą przeznaczoną do celów towarzyskich. Za zasługą Stanisława, syna Sebastiana, uzdrowisko stało się znanym ośrodkiem życia towarzyskiego polskiej i węgierskiej szlachty.

W roku 1744, po wymarciu prostej linii rodu Lubomirskich, właściciele uzdrowiska zaczęli się zmieniać. Dopiero w roku 1825 właścicielem uzdrowiska został baron von Jony, który rozpoczął przebudowę. Zbudował tu swój pałac, nowy budynek uzdrowiska i lustrzaną łaźnię. Jego syn, Daniel Jozef Jóny, jako spadkobierca zarządzał uzdrowiskiem aż do roku 1865, gdy uzdrowisko stanowiło przez krótki okres własność Keżmarskiego liceum. W roku 1882 uzdrowisko odkupił od liceum hrabia polski Andrzej Zamoyski. W roku 1923 zlecił budowniczemu Oskarowi Zuberowi budowę naturalnego basenu termalnego, w tamtych czasach największego na Słowacji.

Wyżne Rużbachy po śmierci A. Zamoyskiego w roku 1927 uzdrowisko otrzymał w spadku jego najmłodszy syn Jan z małżonką Izabelą de Bourbon, bratanicą króla Hiszpanii. Sanatorium odwiedził jeszcze przed II wojną światową sam król Hiszpanii i książę z Bourbon. Biały Dom, jeden z dominujących budynków na terenie uzdrowiska, został zbudowany w latach 1929 - 1931. Dziś pełni rolę centrum życia towarzyskiego, mieści się w nim jadalnia, kawiarnia i Restauracja Hrabiego Zamoyskiego.

Plany właścicieli na rozwój uzdrowiska udaremniła II wojna światowa i proces upaństwowienia. W roku 1952 uzdrowisko przeszło pod zarząd związków zawodowych (ROH). Od roku 1957 uzdrowisko wróciło pod zarząd państwa. W roku 1995 powstała spółka akcyjna Uzdrowisko Vyšné Ružbachy S.A.