Bardejovske Kupele znajdują się w malowniczej kotlinie Karpat tylko 13 km od SKi Park Regetówka, w Beskidach Niskich na miejscu gdzie łączą się góry Odnawa i Busow, w północno-wschodniej części Słowacji, która jest bogata na wody mineralne. Łazienki są położone 5 km od miasta Bardejov w kotlinie Bardejovskiego potoku, który nosi nazwę Kwaśny potok. W bliskiej okolicy znajduje się wzgórze Magura (902 m), które ochrania uzdrowisko przed wiatrami oraz zmianami klimatycznymi. Jest to mur ochronny ze wschodniej oraz zachodniej części. Wysokość ośrodka to 279 metrów nad poziomem morza.