Prvá zmienka o Bardejovských Kúpeľoch je z roku 1247, keď uhorský kráľ Béla IV. daroval územie dnešných kúpeľov aj s prameňmi mestu Bardejov. Isté je, že ľudia poznali veľmi skoro liečivé účinky minerálnych vôd, o ktorých sa mohli sami presvedčiť. Chýr o kúpeľoch sa dostáva aj do panovníckych dvorov, najmä po uzdravení ťažko postihnutého poľského šľachtica, pána Tomáša Lisického z Lisiec. Prvá písomná vedecká správa o výsledku analýzy dvoch najviac používaných bardejovských prameňov Hlavného a Kúpeľného bola podaná v roku 1795 prof. Pavlom Kitaiblom z Pešti. V tomto období sa využívalo 7 minerálnych prameňov.

Bardejovské kyselky pokladal za jedny z najliečivejších vôd v Európe, vhodné na plnenie a export. Po ďalšej analýze Kitaibel navrhol indikácie kúpeľnej liečby. Podľa neho sa bardejovské vody hodia proti bolestiam hlavy, na liečenie kontraktúr, epilepsie, hypochondrie, ženských chorôb, podagry, močových kamienkov, žalúdočných chorôb. Aj Kitaiblova správa prispela k tomu, že sa Bardejovské Kúpele už koncom 18. storočia zaradili medzi najnavštevovanejšie kúpele Uhorska.

Bardejovská kyselka sa začala plniť a exportovať nielen do Budapešti, ale aj do Varšavy, Berlína, Frankfurtu.
Z roku 1817 pochádza prvý významný opis kúpeľov a tamojších obyčajov od Jána Čaploviča. V prvej polovici 19. storočia zaznamenali Bardejovské Kúpele najväčší rozkvet. V krátkom čase sa postavil nový priestranný kúpeľný dom a niekoľko obytných budov. V tomto období sa využívalo už 13 minerálnych prameňov.Do 15. storočia niet o nich presných správ. Dobrá povesť sa však rýchlo šírila, preto v roku 1505 vybudovali kabíny na kúpanie chorých, ktorí dochádzali zo širokého okolia. V roku 1777 postavili v blízkosti prameňov murovanú budovu s dvanástimi izbami pre pohodlie chorých. Liečivé výsledky prilákali maďarskú i poľskú šľachtu, čo malo veľký význam pre rozvoj kúpeľov.