Obec Vyšné Ružbachy vznikla pri výdatných minerálnych prameňoch na východných úpätiach Spišskej Magury. Leží vo výške 623 m.n.m. v doline Zálažného potoka. Prvá zmienka o obci je z roku 1288, kedy Šoltýs Henrich z Podolínca založil Nižné a Vyšné Ružbachy. V roku 1549 nastal Zlatý vek pre Ružbachy, keď poľský kráľ Kazimír menoval grófa Sebastiána Ľubomirského za dedičného starostu zálohových miest. To podnietilo stavebný a spoločenský ruch.

V roku 1595 bola postavená kúpeľná budova s bazénom, kuchyňou, jedálňou a spoločenskou miestnosťou. Sebastiánov syn Stanislav urobil z kúpeľov známe spoločenské stredisko poľskej a uhorskej šľachty. V roku 1744, po vymretí priamej vetvy rodu Ľubomirských, kúpele začali meniť majiteľov. Až v roku 1825 sa kúpele stali vlastníctvom baróna von Jony, ktorý začal s ich prestavbou. Postavil si tu kaštieľ, nový kúpeľný dom a zrkadlový kúpeľ. Jeho syn Daniel Jozef Jóny ako dedič spravoval kúpele až do roku 1865, kedy sa dostali na krátky čas aj do majetku Kežmarského lýcea. Od lýcea kúpil kúpele v roku 1882 poľský gróf Andrej Zamoyski. V roku 1923 dal postaviť staviteľovi Oskarovi Zuberovi prírodné termálne kúpalisko, ktoré bolo toho času najväčšie na Slovensku.

Po smrti A. Zamoyskeho v roku 1927 zdedil kúpele najmladší syn Ján s manželkou Izabelou de Bourbon, neterou španielskeho kráľa. Kúpele ešte pred 2. sv. vojnou navštívil samotný španielsky kráľ a princ z Bourbonu. Biely Dom, jedna z dominánt kúpeľného areálu, bol postavený v rokoch 1929 až 1931. Dnes slúži ako spoločenské centrum a nachádza sa v ňom jedáleň, kaviareň a Reštaurácia Grófa Zamoyskeho.

Plány majiteľov na rozmach kúpeľov však prekazila druhá svetová vojna a znárodnenie. V roku 1952 prešli kúpele pod správu ROH. Od roku 1957 sa vrátili kúpele opäť pod správu štátu. V roku 1995 vznikla akciová spoločnosť Kúpele Vyšné Ružbachy a.s. Ďalšou z dominánt kúpeľov je travertínové jazierko KRÁTER, naplnené termálnou vodou z prameňa Izabela. Je situované na vrchu travertínovej kopy a od roku 1967 je chráneným prírodným výtvorom.